2025年動植物基因組學（PAG）大會現場速覽（內附彩蛋）

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動植物基因組學大會（Plant and Animal Genome Conference，PAG）是世界上最大的農業基因組會議，同時也是國際動植物基因組學領域的重要盛會。PAG始於1994年，也是人類基因組計劃開始的第四年，每年一月都在美國聖地亞哥的“城鄉度假會議中心”（Town & Country Resort and Convention Center）舉辦。

除疫情期間2022年停辦一年，PAG已走過了32個年頭，作為全球動植物基因組學領域規格最高、規模最大的年度會議，已然成為全球動植物基因組學研究者交流和展示最新科研成果的重要平臺。近年來，PAG會議進一步加強了國際化和多元化的發展，除主會議在美國本土舉辦，還在亞洲等地區設立分會，如PAG Asia會議，以更好地滿足不同地區研究人員的需求。

本次大會為期6天，共有超100家展商，220個學術論壇，1200張海報摘要，超3200學者和從業人員參加。單從贊助商來看，超大型國際種業集團GDM、Bayer、Corteva和Limagrain領銜贊助，測序廠商和服務商緊隨其後。

PAG為全球動植物基因組學研究者提供了一個展示和交流最新研究成果的平臺，為不同國家和地區的研究人員建立了廣泛的合作關係，促進了資源和資料的共享，加速了科研成果的產出和應用。PAG會議展示了基因組學在農業、畜牧業、生物技術等領域的應用研究成果，真正做到了產學研和科研轉化的良性迴圈。

作為一個“巨無霸”會議，PAG涵蓋的內容非常全面且多元，涵蓋了模式生物、畜禽、水生生物、作物、微生物等基因組的最新研究進展，同時也展示了最新的基因組測序技術、基因編輯技術、基因組學大資料分析工具等。

以下總結了此次會議的一些關注焦點：

“泛基因組”和“T2T”

△ 部分泛基因組報告

△ 部分T2T報告

本次大會，泛基因組（Pan-genome）研究絕對是非常活躍的討論領域，34個主題報告，46個poster abstract高居榜首。T2T基因組（Telomere-to-Telomere Genome）遍佈了豬、牛、羊、馬、騾子等常見經濟動物和秋葵、西瓜等經濟作物。長讀長技術在動植物基因組領域的爆發式應用，讓泛基因組的研究成為當下最熱門的話題。

測序技術的高速發展，讓動植物科研工作者能夠更全面地分析物種內的遺傳多樣性，揭示基因組中的複雜重複序列和結構變異，從而理解複雜性狀的遺傳基礎，支援精確的基因編輯和育種計劃，加速新品種的開發。

“共享”和“聯盟”

相較於人類基因組研究的充足經費，動植物基因組研究往往捉襟見肘，資料共享和聯合研究的重要性不言而喻。透過資料共享，科研人員能夠訪問和利用全球範圍內的基因組、轉錄組、甲基化組等多種組學資料，從而更全面地理解動植物的遺傳多樣性和生態適應性。此外，聯合研究促進了不同學科和地區的科學家之間的合作，使得研究能夠突破單一實驗室的限制，匯聚更多的資源和智慧，加速科學發現和創新。

本次大會有兩個比較有意思的聯盟與大家分享一下：

Animal Breeding-RCN

Animal Breeding RCN（Research Collaboration Network）是一個專注於家畜、家禽和水產動物基因組研究的科研合作網路。該專案旨在透過頻繁的會議和交流，協調和優先考慮動物基因組研究，識別控制重要性狀的基因區域和基因，並將研究成果與全球科學家共享。其目標是提高農場動物生產的效率和效果，為全球糧食可持續性做出貢獻。RCN主要關注四個研究領域：基因組測序、功能註釋、基因組表示和精準表型組學與育種。

FarmGTEx

FarmGTEx（Farm Animal Genotype-Tissue Expression）專案是一個國際性的科研合作專案，旨在為家養動物構建一個全面的分子表型QTL資料庫。該專案透過全球科學家的合作，致力於發現控制農場動物重要性狀的基因區域和基因，從而幫助我們更好地解析重要經濟性狀以及環境適應性的分子遺傳機制。專案分為試點階段（2018-2023年）、主要階段（2022-2033年）和增強階段（2022年至今），計劃調查每個家畜物種超過50種組織/細胞型別中的超過1000個個體，以實現對調控景觀及其對經濟價值複雜性狀影響的全面檢視。

△ 部分PigGTEx成果

便宜、便宜、更便宜

作為全球最大的農業基因組大會，眾多種業企業齊聚一堂，關注著基因組學在經濟物種上的轉化應用。對於價格極端敏感的農業領域，成本控制是亙古不變的主題。自2001年Meuwissen首次將全基因組選擇（Genome Selection）應用於分子育種領域，提供“最全、最準確、最便宜”的基因分型技術成為一眾從業人員的追求。

△ 部分低深度全基因組測序的報告

低深度全基因組測序（Low-pass WGS）正成為一種重要的基因分型方法，它透過低成本的測序策略，對群體中所有個體進行全基因組低深度重測序和變異查詢，再利用連鎖不平衡（Linkage Disequilibrium，LD）對缺失的序列進行推斷和基因型填充，最終獲取大規模樣本全基因組水平的高密度基因標記。這種方法不僅減少了測序資料量和成本，還能透過基因型填補得到全基因組範圍內的高密度SNP，滿足高SNP密度和大樣本量的需求，價效比更高。

本次會議上，華大智造子公司Complete Genomics在分論壇上分享了AgriHigh低深度全基因組測序組合產品在豬、牛、水稻上的應用資料，獲得了廣泛關注。截至2024年12月，華大已破譯動植物基因組超5100種，約佔到全球總貢獻值的41%。

該組合產品是一套專為農業科研和育種應用而開發的全流程組合產品，包括硬體、軟體和試劑，涵蓋“核酸提取-建庫-測序-生信分析”流程，配備靈活組合的自動化方案，可滿足不同的通量需求。與傳統建庫方法不同，AgriHigh採用全新的板式建庫試劑盒，僅需三步（打斷、連線反應、等體積混合）即可實現大規模建庫，極大地縮短建庫時間。