在“反擊右傾翻案風”中，僅“四人幫”組織編寫的批判材料《評<科技工作的幾個問題>》，就向全國印發了2500多萬份，加上其他批判資料，可能印發了幾千萬至上億份，可以說是試圖用“人民戰爭的汪洋大海”把胡耀邦和《彙報提綱》批垮批臭。
（三）半路流產的《彙報提綱》
胡耀邦在科技領域進行大刀闊斧撥亂反正的同時，按照鄧小平的囑託，帶領李昌、胡克實、王光偉、鬱文、吳明瑜、羅偉等人，著手起草《關於科學問題的彙報提綱》，作為科技領域的整頓綱領，以及未來幾年的科技工作總體規劃。起草組於8月中旬完成《彙報提綱》的初稿，又送給張愛萍、錢學森、朱光亞、胡喬木、于光遠等人徵求意見，然後報送國務院。
胡耀邦所主持制訂的《彙報提綱》（即前三稿）主要觀點如下：
第一，關於建國以來科技成績的評價。認為建國二十多年來科技戰線上的“成績是主要的，必須加以肯定”， “我國科學事業日新月異地向前邁進”， “為獨立自主地解決經濟建設和國防建設中的一些重大科學技術問題作出了貢獻”，現有的 400萬科技人員“絕大多數是好的或比較好的，做了大量的工作，許多人已經成為政治上、業務上的骨幹”。
第二，對於如何搞好科研，提出了正確處理六大關係的主張，分別是如何處理政治與業務的關係，生產鬥爭與科學實驗的關係，專業隊伍與群眾運動的關係，自力更生與學習外國長處的關係，理論與實際、 基礎與應用的關係，以及黨的絕對領導與百家爭鳴的關係。對此，提綱提出：
1. 反對片面講政治，而忽略生產和科技，生產和科技搞不上去，物質基礎不牢靠, 無產階級專政也不可能鞏固 ；
2. 科學技術是生產力，科研要走在前面，沒有科學技術現代化, 也就不能有工業、農業、國防的現代化；
3. 反對盲目講與工農“三結合”及“開門辦科研”，科學實驗也是一種社會實踐，必須尊重科技的專業性；
4.反對排外主義，閉關自守，必須經常地密切注意和調查研究國際上科學技術發展的最新動向，有必要從國外引進一些先進技術、先進裝置，不能把資本主義國家、修正主義國家的科學家的學術觀點都說成是資產階級的、修正主義的，隨意加以否定；
5. 反對重視技術應用，輕視、甚至指責侮辱基礎理論研究，應有計劃加強自然科學的理論研究；
6. 反對用行政命令辦法，甚至是壓制的方法對待學術爭論，必須實行百花齊放、 百家爭鳴的方針，對於有爭論的問題要透過學術討論和科學實踐來解決。
第三, 提出了未來的科技戰線知識分子政策。提綱認為，我國現有的四百萬科技人員中，絕大多數是我們自己培養起來的，儘管他們在思想上政治上還會有這樣那樣的錯誤觀點，但不能估計過高，對他們要大膽使用，要吸收他們參加一定的業務領導, 或在學術工作上用其所長，發揮他們在科學技術上做學問、出主意、 帶青年的作用。提綱還提出，為建成社會主義，必須有一支宏大的知識分子隊伍，現在的科技隊伍人數不是多了而是少了，要繼續大力培養。對於那些受審查而尚未做出結論的，要儘快落實政策，做出實事求是的結論。
可以說這個《彙報提綱》從理論上系統地批判了極“左”路線下的反智思想，否定了“文革”中的“兩個估計”（即“前十七年教育科技戰線是資產階級專了無產階級的政，知識分子的大多數的世界觀是資產階級的”），重新肯定了知識分子和科技的價值，是1978年後科技政策、教育政策、知識分子政策撥亂反正的系統性預演，因此讓“四人幫”咬牙切齒地痛恨，後來的“反擊右傾翻案風”被定性為“大毒草”供全國人民批判。
鄧小平對《彙報提綱》的提法感到非常滿意，但是又認為有些內容太鋒芒畢露，怕在毛澤東那裡通不過，因此建議“原則都保留，但是稜角磨掉一些，寫得平穩一些”，“等毛主席批准了，讓提綱自己說話，讓群眾在討論提綱時自己說話”，並囑託胡喬木對《彙報提綱》做進一步修改。
胡耀邦在起草《彙報提綱》時，根據查閱到的造反組織（疑似中科院革委會或國家科委革委會）於1968年編輯的《毛主席論科學技術革命》一書 ，引用了毛澤東的一段話： “要打這一仗，科學技術是生產力。過去打上層建築也是為了發展生產力，不打這一仗生產力無法提高”，作為論述科技重要性的依據，但是這個資料並非中共中央審閱出版的，不敢完全保證真實，胡耀邦出於謹慎，並沒有按照當時語錄體那樣對這句話進行加粗。
不過，胡喬木讀到這句話時特別興奮，極力主張加粗，他認為只要毛澤東看過並且批准這個檔案，即便是沒有講過，以後也就真的了（註釋二）。鄧小平對這句話也非常看重，支援胡喬木的做法，此外，胡喬木在修改中，還加了很多其他的毛澤東語錄。對此，同在國務院政治研究室的鄧力群當時就表達了異議，認為這個會讓人有“打著紅旗反紅旗”的嫌疑，恐怕不能被透過。果然，這個修改動作引發了“偽造主席講話”的政治風波，也導致了《彙報提綱》的流產。
（9月26日，鄧小平聽取胡耀邦彙報科技問題時的插話，後來被整理成《科技工作要走在前面》一文，收錄到《鄧小平文選》）
9月30日，鄧小平將國務院討論後的《彙報提綱》定稿，呈送給毛澤東，等待最後的稽核批准，結果毛澤東看了《彙報提綱》後沒有表示意見，只是說自己記不住講過“科學技術是生產力”這句話了，並在10月24日將其退回。此事幹系重大，鄧小平趕忙讓胡喬木再次查證，結果發現《毛主席論科學技術革命》中的這段講話來自於1963年12月毛澤東與聶榮臻的談話，國務院政治研究室還找到了當時在場的于光遠和範長江所做的會議記錄，確實沒有“科學技術是生產力”這句話，而只有：“科學技術這一仗一定要打，而且必須打好……不搞科學技術，生產力無法提高”。
這樣鄧小平不得不讓胡喬木刪掉這句話，然後於10月27日再次報送。不過這時候，“反擊右傾翻案風”已經是山雨欲來，《彙報提綱》自然沒有下文，迎接它的只有暴風驟雨式的大批判。
（四）被捲入“劉冰事件”的胡耀邦
鄧小平所發起的，胡耀邦、張愛萍、萬里、周榮鑫等人積極參與的全面整頓，顯然越過了毛澤東的容忍底線，更觸犯了“四人幫”及其黨羽的利益，至當年10月，已經是山雨欲來，而導火索是劉冰事件。對此，章含之的回憶非常耐人尋味：
這年10月，又是基辛格來訪。10月12日晚主席會見後，我參與整理記錄直至凌晨。當時困得無法繼續，在場那位“通天”朋友突然對我說：“你別打瞌睡了。我告訴你一個訊息，你一定就醒了。”我問什麼訊息，她說：“要批判鄧小平了”，我確實給嚇醒了，問怎麼可能？她告訴毛主席對她們批評了劉冰的信，並說鄧小平是劉冰的後臺，是一股右傾翻案風。
章含之所講的“劉冰的信”，即1975年8月中旬和10月中旬，清華大學黨委副書記劉冰兩次上書毛澤東揭發黨委書記遲群（曾任毛澤東機要秘書）作風問題，這件事引發了“反擊右傾翻案風”，是現代史上的一件大事。
而劉冰在50年代曾經擔任團中央辦公廳主任、農村青年工作部部長，與胡耀邦是直接上下級關係。“文革”中，劉冰數次到胡耀邦家串門，並且與胡耀邦交換對時局的看法，他在決定在給毛澤東寫信之前，也曾經到胡家徵求意見，並且請求胡耀邦轉給毛澤東。胡耀邦支援劉冰的做法，對信的內容提出了修改意見，不過婉拒了轉信請求，理由是：劉冰是教育口的，不歸他管，轉信名不正言不順。他建議直接找鄧小平轉，並直接用紅機子給鄧小平辦公室打了電話，又告訴劉冰鄧小平家的住址。
（2001年劉冰出席清華校慶90週年活動）
所以，胡耀邦在公事私事上都觸犯了政治紅線，成為“反擊右傾翻案風”的重點批判物件。11月13日，鄧小平陪同毛澤東接見外賓後，被留下來“打招呼”，毛澤東還寫下批語：“過去只有河南百分之八十的縣委書記打了招呼，所以沒有受衝擊。在多數人身上覆雜一點。桃花源中人，不知有漢，何論魏晉。要估計這種情況。一些老同志打個招呼，如周榮鑫、李昌、胡耀邦、胡喬木、劉冰、李井泉等幾十人也要打個招呼。”
根據毛澤東的這個指示，國務院於14日召開了“打招呼”會議，15日至16日中央政治局也召開“打招呼”，這兩次會議，胡耀邦均參加，“打招呼”實質是對鄧小平及“四大金剛”整頓行為的一種警告，但仍有“挽救”之意。不過，四人幫並不會善罷甘休，“打招呼”會不可避免地成為批判會，王洪文在發言時說，他到上海去了一趟，聽到下面有許多反映，對胡耀邦、周榮鑫意見很大，胡耀邦的言行是“右傾回潮”，跟“無產階級專政下的繼續革命背道而馳”；張春橋和姚文元插話說：“都是右的東西”，“群眾對你們意見很大”，江青則非常激動，一會坐著、一會又在會議室內來回走動。
對於“四人幫”的批判，眾人皆報以沉默，唯獨鄧小平、胡耀邦據理力爭。胡耀邦在此時此刻並沒有像某些人那樣落井下石，來洗脫罪責，而是毫不掩飾表達對劉冰寫信的支援，他說：
昨天晚上，王洪文副主席對我講了許多話，我在這裡鄭重宣告，他說的那些問題，說我說了什麼話，我都鄭重表示，我沒有那些問題，也沒說過那些話，請求中央查證。我與劉冰在團中央一塊共過事，他找到我要我給他轉信，我對他說過我支援你，但信要由你自己送，因為我們不是一個組織系統，我是科學院，你是清華大學.所以我不能幫你轉信。
胡耀邦發言鏗鏘有力、不卑不亢，王洪文無言以對、一聲不吭。劉冰晚年回憶說：“包括我本人，都作了違心的檢討，說自己錯告了主席派往清華的幹部。唯獨胡耀邦響亮發言，沒有認錯。在這樣的氣氛下作這個發言，以一個人的力量擔當責任，談何容易！胡耀邦真是錚錚鐵骨”！
（五）“反擊右傾翻案風”中的胡耀邦
“打招呼會”之後，鄧小平及胡耀邦、周榮鑫等人的再次被打倒已經不可避免。“四人幫”及其追隨者對胡耀邦的批判逐漸公開化。12月上旬，清華大學開始公開點名批判《彙報提綱》，遲群說 “右傾翻案”是從路南刮到路北的”（中科院與清華一路之隔，中科院在路南、清華在路北），當時清華校內貼滿了大字報，胡耀邦被勒令前往清華大學觀看大字報。同時，柳忠陽連續兩次致信毛澤東，揭發胡耀邦在中科院的“復辟言行”，在得到了毛澤東的兩次批示（註釋三）後，中科院召集批判會對胡耀邦、李昌等人進行批鬥，討伐胡耀邦的大字報貼滿了會議室和辦公室，最長的一次批判會開了36天（從1975年12月19日開到1976年1月23日），對胡耀邦等人實行疲勞作戰，最後胡耀邦舊病復發，住進反帝醫院（註釋四）。
胡耀邦平日對姚文元非常鄙視，小範圍聊天時，經常毫不避諱地嘲諷他，甚至曾經與呂正操、程子華等人一起給毛澤東寫信（主要由胡耀邦執筆），反駁姚文元於1975年3月發表的《論林彪反黨集團的社會基礎》。姚文元趁機公報私仇，在“反擊右傾翻案風”中，對胡耀邦“格外關注”，他先是利用毛澤東對《化石》雜誌編輯張鋒來信的批示小題大做，試圖給胡耀邦使絆子，繼而在1976年1月6日親自召集《紅旗》雜誌編輯人員和“梁效”寫作組，部署批胡。
“梁效”寫作組的範達人、何芳川等人立即加班加點完成了《回擊科技界的右傾翻案風》一文，姚文元安排在1976年第2期《紅旗》雜誌發表，並且特意選擇在春節這天對全國人民廣播，可謂“用心良苦”。《回擊科技界的右傾翻案風》一文，指責胡耀邦的科學院整頓是 “一條與毛主席革命路線相對抗的修正主義路線。這條修正主義路線以否定無產階級文化大革命、否定無產階級文化大革命中湧現出來的革命的新生事物，搞復辟倒退，搞反攻倒算為主要內容和主要特徵，它的理論基礎是階級鬥爭熄滅論和唯生產力論，它的手段是折衷主義”，可謂字字如刀，在那種情況下讓人讀了不寒而慄。姚文元的老巢《文匯報》也被授意發表了長篇評論《兩個提綱 一條黑線》，宛如當年《評<海瑞罷官>》重現。
（當時全國報紙轉發的《紅旗》批胡文章，及《文匯報》連篇累牘的批判科技界右傾翻案風的文章）
在泰山壓頂的危險時刻，胡耀邦仍然據理力爭，不向“四人幫”及其爪牙低頭，1976年1月6日，他在批判會上說：“如果沒有搞好四個現代化，我們的子孫萬代會罵我們的”，“把科研搞上去是我們義不容辭的責任，科研工作要是搞不上去，應感到痛心、慚愧”。1月23日，他針對有人指責他搞“唯生產力論”，反問說: “我不懂什麼'唯生產力論'，我只知道科學技術在社會發展中的重要性。沒有瓦特發明蒸汽機，能有英國的工業革命嗎？”
批判胡耀邦的高潮是“四人幫”策劃的首都體育場批判胡耀邦、李昌萬人大會，這是“反擊右傾翻案風”中最大的批判集會，這種萬人批判大會在文革早期經常見到，但是文革末期已經極少了。會前，姚文元派出上百個記者，準備好了攝像機，希望讓胡耀邦、李昌在全國人民面前出醜。批判會開始後，有群眾遞條子要求見見胡耀邦、李昌，於是造反派讓李昌（胡耀邦因為重病在醫院，醫生阻止參加）繞場一週“示眾”，沒想到全場熱烈鼓掌對他表示敬意，當“四人幫”的黨羽發言時，參會人員紛紛退場以表示抗議，批判會以一場鬧劇告終。
（1976年“四五運動”中最大的花圈，即為中科院職工製作的）
7月25日，病中的胡耀邦又被強行拉到大連化學物理研究所進行批鬥，批判中胡耀邦腹瀉嘔吐、發生脫水，隨時有生命危險，中科院造反派不得不同意中止批判。27日夜，胡耀邦乘火車返京，凌晨靠近唐山時發生大地震，險遭意外，家人一度與其失去聯絡，後胡耀邦乘坐的火車返回大連，然後又乘坐飛機回京。
（高校和科研院所組織的“反擊右傾翻案風”批判會）
毛澤東去世後，中科院造反派加緊對胡耀邦罪名的羅織，不過很快風雲突變。10月27日，中科院召開慶祝粉碎“四人幫”大會，“四人幫”的黨羽柳忠陽被轟下主席臺。此時，中科院上上下下都熱切希望胡耀邦能回來重新主持工作，黨組一些成員（如王屏、劉華清等人）自發給中央寫信給中央，要求恢復胡耀邦的職務，科研人員也紛紛在中關村和三里河院部大門口貼出了“強烈要求胡耀邦同志回科學院主持工作”的大標語。這充分說明胡耀邦在科學院的整頓是順乎民意的，知識分子是發自肺腑愛戴胡耀邦的（註釋五）。
綜合來講，在“反擊右傾翻案風”中，胡耀邦是受到衝擊最嚴重的之一，僅“四人幫”組織編寫的批判材料《評<科技工作的幾個問題>》，就向全國印發了2500多萬份，加上其他批判資料，可能印發了幾千萬至上億份，可以說是試圖用“人民戰爭的汪洋大海”把胡耀邦和《彙報提綱》批垮批臭。不過，毛澤東對胡耀邦仍然持有保護態度，尤其是4月份開始主持中央工作的華國鋒，因為中間參與過《彙報提綱》的討論，對“四人幫”及其黨羽迫害胡耀邦的行為表現出反感，曾經直接將中科院造反派誣告胡耀邦的資料退回。
這些都使得胡耀邦雖然遭受了很多苦難，但避免了周榮鑫那樣被迫害致死的厄運。大難不死必有後福，“四人幫”被捕後，胡耀邦第三次重新恢復工作，他與鄧小平等老一輩改革家一道，終於有機會大展宏圖，引導中國迴歸常識、實行改革開放，讓中國走向了一條通往現代化的正確道路。
【註釋與參考文獻】
註釋一：根據錢江先生的考證，“中央讀書班”是毛澤東在“十大”之後倡導舉辦的，他吸取了“九大”以後林彪集團、陳伯達與四人幫鬥爭分裂的教訓，提出以新晉的政治局委員、中央委員為主體，辦讀書班，加強他們的團結教育和馬列主義教育。讀書班前三期學員有陳永貴、倪志富、吳桂賢、尉鳳英、金祖敏、邢燕子、孫玉國、莊則棟等人，王洪文一開始是讀書班的負責人，並且王洪文也把讀書班作為培植黨羽的重要工具，從第四期開始，鄧小平開始負責讀書班。
註釋二：1976年2月23日，胡喬木迫於“四人幫”的壓力，在國務院政研室全體大會上曾經對修改《彙報提綱》一事，進行“揭發和交代”，他說：“科學院本來與政治研究室的任務毫無關係，但是黨內最大的走資 派卻硬要把科學院彙報提綱的修改工作交給我和政研室別的同志但是這個不肯悔改的走資派竟對我說，這是表示主席對基礎理論的關心。甚至在毛主席退回提綱以後，最大走資派還要我再作一次修改。但是路線鬥爭的形勢這時已經明朗化了，最後的修改稿他不敢送給主席了。這證明這個老走資派是多麼頑固不化，我是多麼緊跟到底”！
註釋三：毛主席的批示全文是：“科學院柳忠陽同志的信，印發政治局(給科學院黨的領導小組一份)，予以調查研究”。
註釋四：反帝醫院即原協和醫院。關於胡耀邦為什麼一直在協和醫院看病，周榮鑫之女周少華認為，謝富治及其妻子劉湘屏積極追隨“四人幫”，衛生部直屬的北京醫院對老幹部醫治不積極，周榮鑫在“反擊右傾翻案風”中之死，就與該院搶救不及時有關。因此，胡耀邦在“文革”中，一直堅持到反帝醫院看病，因為老協和的醫生都比較負責。
註釋五：根據時任錢三強專職秘書的葛能全先生的回憶，在中科院職工自發貼大字報要求胡耀邦回科學院工作的同時，中央已經決定方毅代替胡耀邦在中科院的職務，改派胡耀邦到中央黨校工作，因此，方毅在就任中科院負責人的時候，曾經半開玩笑地說：“科學院對我的到來，是不歡迎的”。
吳明瑜口述，楊小林訪問整理：《科技政策研究三十年：吳明瑜口述自傳》，湖南教育出版社，2015 年
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劉冰：《風雨歲月：1964-1976年的清華》，當代中國出版社，2008年
中國科學院京區黨委編：《難忘的120天——憶胡耀邦在中國科學院的日子》，自印本，2013年
範達人：《“文革”御筆沉浮錄——梁效往事》，香港明報出版社有限公司，1999年
于光遠：《從“彙報提綱”到“難兄難弟”——憶與胡耀邦的一段交往》，《中共黨史研究》2010年第2期
龔育之：《中國理論界的一樁歷史公案──文革”末期起草“中國科學院工作彙報提綱”的前前後後》，《河北學刊》2000年第4期
杜鈞福：《中國科學院文化大革命運動述略》，載網刊《昨天》，2015年10月第59期
王聰：熊衛民：《中國科學院的整頓與學術領導的恢復：葛能全先生訪談錄》，《科學文化評論》第13卷第6期(2016)