【2007年全職回國至今18年，其中兩個六年主持行政，2007至2013年的北京大學生命科學學院，2019至2025的首都醫科大學。兩者有相同之處，也有不同之處。回顧需要有時間間隔，既看的更清楚、也更客觀、另外不影響程序，所以目前只宜回顧迄今已經過去了12年的第一個六年。
北大生科院和北大生命科學學科整體成為靜心學術之地，與體制改革、氛圍改良、文化傳承等密切相關。
一個好的學術機構，有合適的機制招聘和支援優秀的人，有一定的退出機制進行嚴格但間隔充分時間後的考驗，有好的內部和外部學術交流文化，就不急：
有青山綠水就會源遠流長】
淵源
我國高等教育和科學機構的發展，近代僅一百多年。其中有很長時間是我國在世界上相對落後，在經濟上相對困難，在其他很多方面有待發展。國立科學研究機構在1920年代後期中央研究院成立不久，就遭外敵入侵時期。1950和1960年代，主要是在高度選擇的領域解決一些關鍵問題。1980和1990年代，理工科人才大量出國，一方面提高了水平，但對於國內機構，一時因為人才外流而出現很大的問題。一些高校、研究所招聘困難，科學院一批研究所所長、高校一大批學院院長都青黃不接。而且越是高水平的大學和科研機構，困難越大。高校的985計劃、科學院的知識創新計劃後，經費逐漸提高。但大家仍不清楚是一過性的、取決於特定領導決策的，還是長期穩定的發展。
在2000年代，北大和清華都有明確的共識和高度的改革意願，而且兩校有高度的協調，所以幾乎同時招聘施一公和我分別主持兩校的生命科學學院（生科院）。
兩校在之前用過研究所或中心進行部分試點，積累一些經驗/教訓，為整建制學院全面改革工作做了鋪墊。
兩校都用一個理科的學院進行改革的試驗先鋒，因為理科的目標、標準、規範容易有高度共識。一公和我全職回國，恰好有助於兩校改革。我們當時40、45歲，也對工作能夠完全落地提供了保障。兩校預計我們至少工作十年，如果太困難，不夠時間，應該也會繼續支援。後來速度快於預計。
以學院率先改革，透過實踐，總結經驗教訓，再決定是否推廣、如何推廣，是大型學校的穩妥途徑。
基礎
一般容易誤認為兩校的生命科學是中國第一。
兩校的數理化曾經全國第一，特別是北大的數學長期全國第一。但是，兩校的生命科學，2007年之前，只在教學第一，而研究從未全國第一。
1949年之前，兩校的生命科學都不夠強，與同在北平的協和醫學院有較大差距，與燕京大學在生物學研究力量上也有差距。
1952年清華和燕京的生物系被併到北大，北大生物學本科生教育全國第一，但中國科學院多個研究所的研究長期領先。1950-1970年代落後於上海的生物化學、生理學、藥物、植物生理、細胞生物等多個研究所，1990年落後於後與北京的生物物理、遺傳發育等幾個研究所。2004年成立的北生所更是很快一馬當先。到2007年，如果與科學院單個研究所相比，北大生科院可能在第8、第9左右。在校內，北大的生物系也不如北大的數學、物理、化學，而且應該承認是遠不如。
我曾總結中國1900年至1999年生命科學最重要的8項研究，無一在北大生物系。北大曾參與胰島素合成，但主要是北大化學系的老師參與科學院生化所主導。北大生物系的老師也參與過胰島素結構的X線衍射分析，但科學院是主力，裡面有北大校友，但北大生物系也非主力。
所以，北大2004年左右決定全球招聘生科院院長，是用一個相對較弱的學科和院系進行改革試點。這是明智的決定，如果不成功，不影響最重要的幾個院系。
北大（清華）校領導層有遠見、有共識、有擔當，職能部門看在眼裡、記在心上。我的任期中，真心覺得職能部門真好，我有時反駁外界、包括海外華人的“誤解”。後來我才意識到，中國各高校如果兩位一把手很好而且配合，領導班子就很可能很好，而職能部門就會按領導的導向。這一經驗，其實也適合於其他單位。例如，中國藥監局的畢井泉局長，曾領導大刀闊虎的改革，卓有成效、有口皆碑。但後來有人告訴我，其實他下面的人，都是以前的人，曾被眾人詬病，但同樣這些人在他領導下就成為了改革先鋒，其工作、為人都被廣泛稱道。
我在生科院期間的工作，看上去是生科院的變化，其實有很大程度是校領導的支援和職能部門的工作。北大生科院的柴真書記人品很好、工作能力強，團結帶領學院。
問題
教授聘任體系是高校改革的關鍵問題。
在全國的高校，都遇到教授聘任體系改革的阻力。其核心是一旦聘任，就要終身。這一問題，衍生很多其他問題。
各個單位都知道事實終身制的問題。就有常規的對付方法：聘任之初不給很好的條件，招聘人數多以防止有些人不稱職，聘任後每年述職，收入低，每年根據述職給獎金，然後還有多種獎，以補年薪的低。確實是終身制，但支援永遠不夠。
例如，根據老師具體講了幾門課、每門課的課時而發講課費就是非常不合理的補充。老師的年薪如果足，就包含講課的工作。講課費一件看起來的小事，但它不僅是老師個人待遇，而且立即牽涉課程設定是為了教育、為了學生，還是為哪些老師有收入的問題。
因為支援不夠，所以對老師的評審工作一般是走過場。但過場又太頻繁，至少每年一次，用淺顯的資料，而不深入認知，造成高校老師的人心浮躁。學術沒有得到加強，而膚淺甚囂塵上。近年有人給我遞上外地一位傑青長江的履歷，建議任首醫的院長。我一看，這是浮躁的典型，發了一批沒意義的論文，恐怕還很能在江湖遊玩。這種人，如果引進，樹了歪的標杆，就害了一個單位。這類人不是個別，就是因為很多單位死不改革。單位領導怕得罪個人，不怕得罪中國、不怕浪費中國人民投入高校的的資源，不用擔心責任。這類人不僅多，而且沒有矛盾，頻頻晉升。
還有很多單位，招聘的教師不讓獨立，而成為院系領導、老教授的手下助手。說是給新聘老師資源、空間、研究生名額，其實是給校領導、院領導、系領導自己的課題組提供資源。而年輕人的晉升依賴為上級、為老教授服務的態度和“貢獻”。有些小群體，不講學術標準，競爭晉升是一個小團體與另一小團體的博弈，兒戲般視高校為江湖。
在2007年的北大，以上問題小於、少於2025年全國大多數高校，但也有一些。
但是，全國都容易出現的是，領導、院士、老教授自己的學科或者自己的學生，容易繼續擴大，而長期缺乏的重要學科可以沒有人關心。而新興學科，就更容易無人關心。
這樣的體系不改，院系的學術和發展就從屬於領導和院士的人事關心。科研、教學、文化、服務都受影響。
個人
從現在回顧，恐怕一公和我都有一定個人感想而回國。
當時，很多人不願意回國。今天，也沒有幾個40歲年齡段的教授回國，一方面不一定能夠45歲以下成為國際的講席教授，一方面各種其他的考慮。
一公的情懷裡麵包含對清華的感情。
我沒有北大情節，雖然到任後隔一段時間會查北大檔案裡面家人情況，但到任之前完全沒想過，不知道後來會查到那些有趣的細節（北大的學生檔案保留很好，一百年前我太外公的弟弟在法學院預科、本科和國立大學第一屆研究生期間有兩三門不及格）。我三舅是1953年江西高考第一入北大物理系的優秀學生（包括在北大的每一年）。
但我從1995年開始，部分時間從美國回中國是在科學院從旁協助教學、科研。
到北大主要是考慮自己的教學興趣。當然研究重要，而且是需要大力提高的，但在北大我還可以發揮自己講課的熱情和特長。
我估計自己有管理的時間和能力。一個因素是我自己不喜歡動手做實驗，主要是思考和設計，這樣我在美國期間一天至少有半天空餘，除了讀文獻、讀書、讀歷史之外，做助理教授第二年就開始有時間寫科普文章。喜歡做實驗的人經常自己做或者干預學生，這些時間對我都省出來了。一個因素是因為我知道自己能夠公平。我沒有想到的是，後來有熟悉我幾十年者為其他事情急了，說“你是沒有妒忌心的，所以你不能理解”。我當時有點愕然，現在反過來思考，可能妒忌心不能太強有助於開展行政工作。
在中國科學院上海生命科學研究中心建立實驗室，在神經所成立之初的經歷，在北京生命科學研究所（北生所）的早期，也接觸或觀察了中國工作的一些方面。
而對於很不確定的北大是否能夠支撐我的研究，因為在北生所有實驗室，所以心理上有一定安全感。實際上，北生所對我的重要性還不止心理：到北大之前在北生所已經有研究生，實驗室工作沒有因為從美國回到中國而耽擱很長。北大生科院當時空間很小，如果我實驗室搬進去，就難以招聘其他人的，所以我回國之初前幾年用北生所的實驗室，半天北大、半天北生所，好幾年後才關閉。
實踐
高等院校體制改革的關鍵是教授聘任晉升體制的改革。如果這一改革成功，其他迎刃而解。
迄今，我國高校已經完成這一改革的只有兩校。其他要麼裹足不前，要麼觀望，要麼不理解、甚至故意推動反改革的輿論從而逃脫責任。
兩校生命科學學院全建制率先完成。
兩校都是“只做不說”，所以雖然工作有條不紊，但沒有清晰的總結，後來很多人其實不知內情，也不知多少問題是怎麼解決的。所有能夠想象的問題，一般都出現了，但也都有辦法解決。
北大堅決支援生科院全面建立新體制，北大和國內常稱為“預聘制”，我現在稱之為“職道制”。以新人新辦法的方式，新進的全部實行，有兩位到崗不久的自願提出後加入。全部是全球招聘，設定程式評審，依賴對工作水平和個人潛力的切實評價、從不用文章的篇數或所在刊物。拒絕過兩位在Cell發過兩篇文章的申請人，後來都被證明決定是對的，一位後來被發現是造假，一位是隻會做，不能獨立思考、設計。這兩位都在2012年之前，那時中國、華人發文章還不容易，現在這種人數量已經大大增加，如果按文章的刊物、篇數，恐怕不少單位要深受其苦、深受其害。
招聘不能任人唯親，如果與原導師方向接近就不可能被招聘。另外也不加強江湖做法。曾有院士的博士生，在國外著名大學博後期間在Nature發表過文章，而同學科抱團認為當然應該招聘。但評審過程中，因為分析其研究、論文的實質，討論之後投票沒有過。改學科的很不高興，幾年不合作，但不僅失去這位沒有可惜（後來在其他單位並未作出重要工作），而且學院照樣發展，不因一個學科要近親繁殖不成而抗議就難以為繼。還有一個當時很大的學科，也因為不高興而有幾年不合作，但也一樣沒有影響學院的發展。堅持正確的體制、正確的方向，終將發展。
2007年以來，學院從不以“帽子”取人。目前國內很多單位招聘居然前提條件是申請人獲得某種帽子、或者待遇直接與帽子掛鉤。北大生科院自從我上任後，學院對教授是否招聘、什麼待遇，與外界帽子無關。教授要帽子是個人與社會的關係，不是學院與教授的關係。久而久之，學院的老師知道需要認認真真做校內的工作，帽子是業餘課外作業。學院的帽子最後也不少，只是不受提倡，可能遇到我的時候，有些老師還不好意思說、稍微有點隱瞞。
新體制招聘的教授人數少，所以給予的個人待遇、研究資源、工作條件自然可以更好。教授也不用像以前一樣每年述職，減少了繁瑣的淺層評估。
但實際要求更高，6到8年後評審，需要國際科學同行評議。如果拿不到國際同行的回覆、出現過多華人的意見，還會擔心互相認識而被打折扣。國內的關係，基本是毫無用處。國內的信，經常抄襲申請人寫的同樣內容和文字，幾乎無效，只有少數人寫得很有內容而有參考價值。
教授直接參與重要管理決策。成立了儀器委員會、空間委員會、本科生教育委員會、研究生教育委員會等。以前由院領導決定的資源，讓教授委員會決定，既公開透明、又調動教授積極性。
到位時的學術委員會主任生過病不方便工作、委員會有多位學生，以前因為老師們和學校顧及其為生科院內部唯一在北大產生的生物學院士而遲遲不敢提出更換，我覺得一定需要為了工作而換新的、沒有學生在委員會的主任。學校配合的很好，最後換了、老院士也很支援，我和學校也用其他方式感謝老院士。
本科生教育非常重要，但容易被忽視。一方面改進課程體系，減少必修、透過選修鼓勵學生按自己特色和興趣設計自主設計。
我也請楊振寧先生和姚期智老師來北大參與“科學是什麼”課程。
我回國後第二年開始每年都給本科生講課，自編教材，17年雷打不動。希望這樣帶動其他老師。課程設計也大大減少必修課，讓學生有更多自主選擇。課程內容也改變。全國生物系長期沿用北大在教育部主導的第一年必修動物學和植物學，北大的老師講課還特別好。我不讓這兩門古典生物學作為必修課，而只能是生態方面學生必修，其他學生不一定要修。
每個暑假，送約50位本科生去國外研究實習。開初我們沒有經費，我聯絡自己的朋友，讓他們實驗室出資，後來教育部有經費。我們的同學那時還不去法國巴黎，我一位法國教授朋友給兩個指標只有一個人申請，得罪了法國人。
設立每週五兩次講座，一次國際學術報告，一次人生事業講座，要求本科生也要參加，開闊本科生的視野，如果只是課本知識，北大與全國其他大學的差別就不很大。周光召先生、韓啟德老師、施一公、王曉東、施揚、駱利群都給我們學生講過。諾獎得主，我們也是請在一線有研究的科學家，而退出一線的不被邀請學術報告。
這些學術活動同樣有益於研究生。研究生改革的第一項是輪轉制度，因為不動原指標，所以我和一公、曉東發起PTN（北大清華北生所）研究生專案，得到教育部支援而在PTN開始輪轉，導師和學生雙向、可變選擇。不是學生求老師，而可以出現老師爭取學生。後來北大清華生命科學聯合中心（CLS）也這樣。研究生輪轉不僅研究生可以學更多，可以促進交叉，還可以讓老師更加積極。雖然我幫科學院創立的BIO2000曾經被評為科學院最佳研究生課程（特等獎），也引進到北大清華，但總體而言在我的任期沒有建立好北大生科院的研究生課程。
在空間、經費、研究生名額等資源方面，獲得、或奠定獲得了前所未有的大幅度提高。但資源的提高，如果沒有體制的改革和良好的氛圍，不能帶來長期的學術和教育提高，正如同時期國內有單位資源方面大幅度提高而並未帶來質量和文化提高所提供的平行反證。
文化
清靜的專研文化。透過一系列的文化在今天環境中建立清靜的專研文化，非常重要。對於教授們，提倡有質量的研究，從來不提具體要求，絕不做任何量化指標，也不宣傳科研工作，只有平鋪直敘、平平淡淡的科普介紹。使北大生命科學成為能夠安心科學研究的場所。完全不要求帽子，實際上，如果有帽子，不會獲得更多待遇而要求原待遇降低以便只執行CLS的待遇（外面增加多少、裡面降低多少，回到CLS待遇）。在今天的中國，恐怕這樣做是鳳毛麟角，但創造了一小片綠洲。
積極的學術文化。學院內建立系列學術講座，後來還有CLS的系列講座，IDG/麥戈文腦研究所學術系列講座，建設生命科學學科的學術文化，加強與國際的學術交流。請了的國外學術報告人，與老師見面和晚餐，與學生午餐，在學生期間不僅開闊學術眼界而且打下學術文化的習慣。建立老師的學術氛圍雖費些時間，但也穩固地建立了。現在的老師絕大多數熱愛學術、專心研究。
熱情的合作文化。校外首先加強了與清華的交流，透過CLS、透過互通課程、互選導師學生、定期學術交流等多種方式。校內形成了多個生命科學機構的互相幫助、相互交流、密切合作。在心理系轉化為心理和認知學院的過程在人才、經費和空間等方面有過實質的一臂之力。
獲得蛋白質平臺後不拘泥生科院本位，同時支援了化學學院的核磁共振成像、醫學部的精神病院。
2011年建立CLS後支援了交叉學院的定量生物學中心、從旁協助了分子醫學研究所/未來技術學院、化學學院的化學生物學系。2012年建立IDG/麥戈文腦研究所為心理提供了招聘指標和部分資助。
反思
教授聘任體系，只要學校堅持，學院認真，是可以做到的。職道制的核心是讓年輕老師養成習慣，老老實實、認認真真、勤勤懇懇，努力校內本質工作。在今天的中國，特別需要。凡是不做的高校是校領導不負責任、老師自私（學生可以被開除、老師是一次聘任就終身任職）。聘任制，從來不是說所有學校單一標準，而可以是非常合理、符合校情的標準和程式。但透過反對改革而不允許真正評審，是拉低學校水平、拉低全體老師的待遇，是不對的。有些人公開反對自己不懂、與自己學校無關的政策。一些不懂裝懂的媒體，不進行全面瞭解，假冒公平、同情，實質是反對改革、阻礙中國優秀高校的進步。
研究生教育，不容易。至少生命科學方面，迄今全國沒有一個地方的研究生教育達到國際先進水平。很多是敷衍了事，一個學科開一門基礎、一門進展，都不夠好。我自己任院長的時候沒有做好，我在CLS督促，也收效甚微。
與人交往能力和時間都不足。有些工作應該先與有關老師多交流。
之後
在任接近五年時提出、六年候卸任，當時很多人不理解，有朋友直接批評我卸任是不負責任。事後證明我的估計是對的：在文化上，不能一個人的天下，需要不斷廣納人才。其次以卸任檢驗政策和規則的延續性。這樣傳承下來，十幾年不變，習慣成自然。
我卸任實際由兩人繼任。生科院院長承接了我原來繼承的全部院長責權，加上我任期內獲得的國家發改委蛋白質平臺北大部分、以及部分空間。
還有一部分空間預留給麥戈文腦研究所的生科院部分、一層樓預留給湯超的定量生物學中心。
湯超除了他以前在李政道支援下成立的北大定量生物學中心，被北大校領導和我爭取全職回國後實際主持CLS。這樣資源也儘可能多用於爭取更多人才加入北大。
北大和清華的生命科學學院的改革，在2014年兩校全面推廣。學校總結經驗教訓，建立了一整套規則，已經成功地穩定了十一年。事實證明不僅行之有效，而且對兩校新時期發展至關重要。
學院聘任院長、教授的全套體系很好地傳承。
卸任後完全不干預新院長的工作，形成良好傳統。要不然一般人誤認我強勢或者脾氣大，卸任後十二年的考驗說明沒有這類問題。
在任和卸任後都沒有特別發展自己的學科（神經生物學），而尊重學科規律。麥戈文腦研究所在心理認知學院的老師多於生科院（前者曾有近二十，現在15，後者現在10）。神經生物學的少而精，因為後來的年輕老師工作特別努力並投入教育，它從生科院最冷門的方向成為本科最多學生感興趣的方向，但完全不是我個人的功勞。
學院的空間曾很緊張，我到位的時候雖然不久前有了新樓，但剩餘空間只有六百平方米。2009年我從學校爭取到建新樓的地塊，兩屆連續努力而建好。我自己的實驗室在北大待過4個地方後於2019年4月搬進較好的穩定空間。因為CLS的幫助，不僅生科院空間改善，心理與認知、定量生物學中心等多個生命科學相關機構的空間都得以較大幅度改善。
曾爭取加入發改委大動物專案，但兩校沒有積極措施，錯失良機。中國農大完全獲得後，專門來找我問如何做，原來他們寫的不是他們準備做的，他們寫了之後基本完全不知道做什麼好。如果兩校加入，不僅得到支援，而且能真正用好國家資源。
與北大科研處兩位一道，把國家發改委成像平臺爭取到北大，成為北大在懷柔主持的多模態成像中心。
爭取發改委成像中心最初是為了當時還在做單分子成像的謝曉亮回國做鋪墊，後來他的研究改變方向，我和林建華、高松、周輝幫助爭取到北京市的高精尖支援曉亮回國的工作。
實質建議北大成立現代農學院。
2015年我發起北大在深圳建立健康科學研究院，後為深圳灣實驗室，北大出的當地領導不合適（內鬥內行外鬥外行），最後丟了。
但我負責在2019年成立的深圳灣實驗室分子生理研究所是當時建設比較好的一個。
2018
年3月新建北京腦科學研究所（早期稱為腦科學中心）（北腦）。2018年8月探索推動北大清華參與國家實驗室，2019年初開始參與北京規劃國家生命科學實驗室。首醫
2019年6月上任首都醫科大學，2025年3月超齡3年卸任。
欲知首醫如何，且聽十二年後分解。
也就是————2037年。
“迴歸”
一直閱讀著科學文獻
一直思考著科學問題
一直在教著生物課程
從未脫離談不上回歸