自動計數菌落和細胞——ImageJ軟體零基礎教程

張老溼按：Image J具有兩大核心功能：對WB條帶進行灰度分析和自動計數，上一期已經分享了灰度分析，這期分享自動計數的教程！教程作者李一關童鞋，李一關童鞋順路還把如何下載得到Image J軟體也告訴大家了~所以，再在後臺問軟體哪裡有下載的，當心我揍你們~

如何用Image J 對Western blot 條帶進行灰度分析

image J是一個基於java的公共的影像處理軟體，它是由National Institutes of Health開發的。可運行於Windows，Mac OS，Linux等多種平臺。重要功能就是對影像的區域和畫素進行統計（大小），包括長度，角度。陽性點密度和數量。除此以外，它還有一個非常吸引人的優點——完全免費！

開始本期教程：

1、安裝軟體

直接在搜尋引擎搜尋「image J」

從官網下載軟體

下載後解壓即用

無需安裝

2.開啟軟體

可以看到介面非常簡潔

3.圖片前處理

點選「File」→「Open」

開啟想要數數的圖片

本圖需要裁剪到培養皿的輪廓

所以選中主程式的「圈選」功能

圈中需要計數的中間部分

點選「Edit」→「Clear Outside」

可以看到外邊緣被刪除

4.調整閾值

點選「Image」→「Type」→「8-bit」

可以看到圖片被轉為灰色

點選「Image」→「Adjust」→「Threshold」

右側出現灰度直方圖

不玩攝影的朋友可能不怎麼看影像的直方圖

解釋一下

灰度直方圖是將數字影像中的所有畫素，按照灰度值的大小，統計其出現的頻率。它表示影像中具有某種灰度級的畫素的個數，反映了影像中某種灰度出現的頻率。

在此圖上我們看到兩個峰，左側的大峰是除菌落以外的灰度分佈，因為顯然菌落佔的空間小，所以應該用底下的兩個拖動條，框選右側峰，即選中我們需要統計的灰度分佈。看到菌落都在紅色範圍，點選「Apply」應用。

我們發現有部分菌落粘連，會影響統計結果

所以點選「Process」→「Binary」→「Watershed」

將其分開

分離效果如下：

5.計數

點選「Analyze」→「Analyze Particles」

彈出以下選擇框

Analyze particles 選單下：

Size（pixel^2）:0-Infinity 表示需要分析的粒子的大小範圍，作用是用以除去過小的雜質粒子。

Circularity：0-1 圓度，預設範圍是0-1，在此我們不需要選擇。粒子越接近圓圓度越接近1。標準的圓的圓度為。

Show：選擇outlines顯示計數的細胞輪廓和計得細胞數編號，還有其他選擇。Nothing，圖象和疊加圖都不會顯示。

對於細胞計數來說一般Outlines即可。

下面勾選的是Display results，顯示結果。

Clear Results，重複測量之前被測量的結果將被清除。

Summarize，對結果做總結。