在研究馬克思主義政治經濟學與李斯特主義經濟學的基礎上，何新構建了一套宏闊的具創新性的經濟學理論體系。它既不同於左派傳統政治經濟學經濟理論，更與右派新自由主義經濟理論針鋒相對。何新將自己的重要經濟學著作命名為《反主流經濟學》和《新國家主義經濟學》。
何新經濟學之理論要點大略如下：
1、1980年代末，何新提出了極具獨創性的“市場空間有限性”理論，此論認為市場空間具有限性。
需求與供給的不匹配是市場經濟的常態，此論與自由主義經濟學教條之一的薩伊定律（認為市場可以自動匹配需求）針鋒相對。
何新再度啟用被新自由主義久已宣佈失效的生產過剩理論，對著名的馬歇爾供求曲線以及亞當·斯密及馬歇爾的市場自動均衡理論予以顛覆性批判。市場有限理論，為國家主義的市場培育與保護政策提供了理論支柱。
2、何新另一具有獨創性的理論是他提出的“資本決定價格”理論。他否定著名的亞當斯密的市場自由競爭定價論，認為商品價格不是市場隨機決定，而是受資本力量決定。
何新此論從根本上顛覆了古典主義斯密以及新古典主義馬歇爾的自由主義經濟學的市場價格理論。這個，為國家加強宏觀調控、抑制市場趨利性投機、防範國際金融突襲、保護實體經濟和中小投資者的利益，提供了理論支撐。
3、針對馬歇爾等欲構建的“純經濟學”，何新認為經濟學具有鮮明的意識形態特徵和政治屬性，不可能中立化和純學術化。不存在超離經濟利益的中性純形式主義經濟學。新自由主義認為經濟學主要應研究合理“配置資源”，何新認為經濟學的主要研究物件是建立良好生產關係與調整社會利益分配，從而應當恢復政治經濟學和.政策經濟學的地位。
4、針對90年代新自由主義經濟學家發起的私有化運動，何新旗幟鮮明地予以反對。
何新指出，當代主要發達國家的經濟體也是以大型壟斷企業為骨幹、國有及私營經濟並存的。這種混合經濟體制值得研究。何新認為歐洲及日本等國家對經濟也並非完全不干預。他們的宏觀調控方式值得借鑑。
5、新自由主義經濟學廢棄了古典經濟學的地租理論，何新經濟學則恢復了地租理論的重要地位。何新認為房地產暴利的主要來源是級差地租。
何新認為土地國有制是中國基礎設施建設特別快的最重要原因，何新的地租理論提出許多新觀點。何新的新地租理論影響了某些政策，為抑制房地產泡沫提供了理論。
6、何新的通貨膨脹理論也極為深刻。何新認為，匈牙利經濟學家科爾內提出所謂“短缺經濟”理論，乃是非常膚淺之論。若從金融觀點看，商品短缺現象的本質乃是一種隱性通貨膨脹，絕非“總需求大於總供給”。
90年代初何新在古巴考察經濟時，他曾經直接面對卡斯特羅陳述這個觀點，否定了古巴人認為古巴物價穩定，沒有通貨膨脹的觀點。
何新關於短缺經濟實質上是隱形通脹的理論，後來也在國內發表並影響了施政方針，導致中國經濟政策在1991年後發生重大逆轉，由抑制需求轉為盡力開拓國內外市場以擴大需求。
7、2000年代中國進入.世界貿易組織以後，針對新世紀有人提出用人民幣升值的辦法抑制通貨膨脹，何新指出，人民幣升值會導致大量熱錢湧入，發生外升內貶式的通貨膨脹。這一觀點阻擊了索羅斯等國際大鱷策劃透過人民幣升值套取匯率利差，讓中國金融失血而搞垮中國經濟的陰謀。
8、自2010年後，何新開始研究中世紀以來影響世界經濟與政治的神秘跨國金融秘密組織“共濟會”。何新發現了共濟會的秘密金融歷史及其與國際政治的密切關係。
此後，何新對國際貨幣金融的研究推進到新的。何新提出了新的獨創理論——金融槓桿決定實體經濟的金融決定論。
9、針對以往人們普遍認為，是由商業資本推動封建社會過渡到資本主義，進而引發工業革命，何新提出“早期資本的大規模原始積累，並非透過微薄的商業差價利潤的積累，而是透過金融信貸資本的大規模積累得到快速發展，猶太人的金融力量推動了歐美的工業革命。何新指出，經濟危機的本質都是金融問題所引發的。“有史以來發生的一切經濟危機，無一次不是源於金融資本的幕後操縱”。
這一新的歷史觀點，還導致何新提出歷史學中的西方偽史論。
10、何新認為，1930年代以來的蘇聯政治經濟學理論並非出自馬克思，而主要是出自蘇聯早期領導人之一的布哈林。布哈林理論構造了後來蘇聯中國學派的政治經濟學意識形態。
何新認為俄國革命和中國革命，不可能直接實現共產主義。革命的真正意義在於改變舊制度後解放生產力，快速在短時期內實現了國民經濟的工業化改造。中國前三十年的的計劃經濟和改革開放後的特色市場經濟有承前啟後的關係，前後兩個三十年不能相互否定。
11、何新主張建立社會市場經濟模式，國家實施宏觀調控，充分發展民營經濟，建立多元混合經濟形態。以國家力量保護本國民族工業和市場利益。
何新認為促進就業是政府管理國民經濟必須面對的主要問題之一。主張以國家財政力量調節財富分配，抑制兩極分化。建立全民社會保障體制。
12、何新認為，古典剩餘價值理論認為——資本紅利來自工人.勞動力創造的剩餘價值。這個觀點已經過時。因為在智慧經濟和大規模機器人產業出現的新時代。藍領工人不再是生產及產業的主體。
何新在1980 ——2010長達三十年的長時期內，利用其作為全國政協專職委員的特殊地位，經常直接對經濟問題和政策提出進言和意見以及各種建議。許多建議確實被決策層所聽取和獲得採納。
在長時間與主流經濟學派的尖銳論戰中，何新經濟學以其鮮明的現實性與可操作性，強烈的憂患意識，對中國經濟政策和經濟思潮產生了直接或者間接的的影響，成為經濟學中國學派具有代表性的一種特殊理論體系。
【作者著有《何新經濟學思想述評》兩卷本，已出版。】
