為了確保僅合格的申請人能夠享有移民利益，移民局採取了一套嚴格的背景安全調查程式，從而極大地降低了潛在風險。無論申請人的國籍、種族或宗教信仰如何，都必須經過這一系列的調查。
根據1974年頒佈的隱私法(Privacy Act of 1974)，美國國土安全部(Department of Homeland Security,DHS)及其下屬的移民局(U.S. Citizenship and Immigration Services,USCIS)建議啟用一套全新的系統，即背景調查系統（BCS），用以記錄並管理調查結果。自2007年1月3日起，該系統已正式投入執行。
針對不同類別的申請，移民局採用了不同級別的調查手段。通常，移民局會執行以下四類安全檢查，並保留了在必要時實施其他安全檢查的權力：
這一系統是一個多機構協作的平臺，其核心在於從多個部門、資訊庫和系統介面收集並整合資訊，形成一個綜合的資料庫，主要涉及國家安全風險、公共安全問題和法律執行情況。透過這一系統，移民局能夠迅速地從多個政府機構中核查資訊，以判斷這些資訊是否會對案件決策產生影響。雖然大部分IBIS核查都能快速得出結果，但某些情況下，需要進一步深入調查以澄清疑點。
這一檢查適用於眾多申請者，主要用於查詢在美國境內的犯罪背景。通常，FBI會在24至48小時內向移民局提供檢查結果。若指紋與犯罪記錄匹配，FBI將向移民局提供相關的犯罪歷史電子副本。隨後，移民官員會再次稽核這些資訊，以確定申請者是否有資格享受移民利益。儘管大部分檢查結果顯示無犯罪記錄，但仍有約10%的申請者被揭露有犯罪歷史，包括違反移民法的行為。
在處理涉及拘留或起訴的案件時，移民局要求申請者提供相關的鑑定處理證明。曾被拘留的移民人士應在申請時向移民法官提供完整的鑑定處理記錄，以避免因犯罪歷史被誤解而導致申請被延誤或拒絕。即使是已撤銷或清洗的定罪記錄也必須如實上報。
與指紋檢查不同，姓名核查也適用於大量申請者。FBI的姓名核查記錄涵蓋了行政人員、申請者、罪犯、職員等多種人員的資訊，這些資訊均依法強制編入記錄。姓名核查的初步結果通常需要兩週時間才能得知。大約80%的案件無法找到匹配記錄，而剩餘的20%中，大部分會在六個月內解決。然而，仍有不到1%的案件處理時間超過六個月，這通常是由於涉及複雜或敏感情況而無法迅速處理。值得注意的是，即使FBI提供了匹配的初步結果，姓名核查也並未結束，仍需等待所有資訊確認無誤後才能完成。
這一環節由專門的調查組負責，透過電話或實地調查，結合申請人提交的資料、過往簽證記錄及其他部門提供的檔案，進行系統的背景安全調查。
這套系統由移民局主導，不僅有助於加快背景調查的速度，還提高了移民局的辦事效率。作為中央儲存資料庫，該系統用於儲存所有與背景調查相關的請求和結果。這樣，移民局和服務中心人員在處理案件時，可以迅速從該系統中獲取和確認所需資料，從而做出更為準確的決策。