進入十月，紐約州府月初根據感染人數等疫情資料，將疫區的疫情程度分為三個等級，製作出疫情地圖，並有針對性的透過“微群聚感染抗疫策略”（Micro Cluster Targeting）來管控疫情。
州長認為，由於學校重新開放，天氣也日漸變涼，人們將回到室內，該州在未來幾個月內的新冠疫情確診率恐會上升。此外，由於許多人繼續前往紐約，全國各地的疫情將繼續影響紐約。
16日全紐約州進行超過16萬次檢測，創下全州有紀錄以來的單日最高檢測數，因此才有能力以街區的基礎來分析，以“微群聚”策略對群聚感染的群體集中做檢體取樣，以此獲得更多準確的疫情資料。
州長提到，州府現在已經能夠收集很具體的檢測資料，但由於涉及隱私法，因此不能公佈。有了這些資料，該州能夠對發生群聚感染的區域，有針對性地採取緩解措施。相較於按照大範圍的州級、地區級別、郡級別甚至是社群級別，州府現在可根據小範圍的每個街區的狀況進行分析，而實現這一對策需要以下幾方面技巧：
（1）更有目標性的檢測；
（2）必須對這些地區採取明確的緩解疫情的措施，而這些緩解措施要能反應出病毒為何在該地區傳播；
（3）進行針對性的執法行動。
他指出，透過針對街區實施“微群聚”的抗疫策略，可減少對其它感染率較低的地區所造成的破壞；當識別出“微群聚”時，該州將加大在這些特定地區的測試、緩解和實施社交疏離的執法力度。他還補充說，即使在有疫苗可用後，這種方法仍將繼續。
根據16日公佈的疫情資料，紐約市皇后區的橙色警戒區，確診率已從三週前的1.59%降至0.43%，其它警戒區的確診率也有大幅下降。
18日紐約州衛生廳公佈了“疫苗管理計劃”的草案，規定了民眾接種疫苗的先後順序，按照各社群疫情的嚴峻程度、以及行業必要程度，分階段為民眾接種疫苗。
安排在第一階段接種疫苗的是最可能感染COVID-19的第一線醫護工作者、長期護理人員，以及照護患者的家屬；第二階段接種的是急救人員（消防員、警察和國民警衛隊）、公共衛生工作者、定期與民眾互動的其他重要前線工作人員（藥劑師、雜貨店工作人員和運輸人員）等；第三階段為65歲以上長者，以及本身患有慢性疾病的患者；第四階段為其他必要行業的從業人員；第五階段為身體健康的成年人和兒童。
州長表示，紐約州在過去7個月中進行了1,290萬例的COVID-19檢測，但為民眾接種疫苗則是比病毒檢測更有挑戰性的工作。全州人口將近2,000萬人，但由於不知道一個人要接種多少劑疫苗才行，所以紐約州居民可能需要接種兩劑不同的COVID-19疫苗，這意味著紐約州需要4,000萬劑的疫苗。
然而，庫默先前已經挑明不信任聯邦政府推出的疫苗，紐約州府在9月24日成立疫苗分配和接種工作組，將對聯邦政府核准的所有疫苗進行評估和檢測，確保經過紐約州府聘請的專家認可後，才讓紐約州居民接種。聯邦政府負責安排疫苗的生產和分配，而紐約州的立場是等待聯邦政府向他們提供疫苗，以及時間表與數量等。
雖然目前州內紅色聚集區的疫情反彈已有收斂，確診率連續數日下降，單未來幾天將以疫情資料來評估是否延續日前推出的防疫措施，民眾們還是需要嚴格保持防疫意識。
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